隨著(zhù)中國跨境海運市場(chǎng)準入開(kāi)放，跨境海運市場(chǎng)體系初步形成，但市場(chǎng)機制還不夠完善，諸如價(jià)格混亂、惡性競爭、供求失衡等現象一直存在。政府采取相應的措施進(jìn)行治理，促使跨境海運市場(chǎng)規范化運行，初步形成跨境海運市場(chǎng)的價(jià)格機制、競爭機制和供求機制。第一，初步形成價(jià)格機制。跨境海運市場(chǎng)放開(kāi)后，曾引起運價(jià)混亂，最主要的原因是該時(shí)期實(shí)行雙軌制價(jià)格.計劃內運輸與計劃外運輸的價(jià)格同時(shí)存在，前者由國家嚴密控制，后者則由于缺乏完善的價(jià)格監管體制而失控。

計劃內運輸采用計劃價(jià)，計劃外運輸采用議定價(jià)(或協(xié)定價(jià))。在沿跨境海運輸中，一般地計劃價(jià)要高于議定價(jià)。在此階段，計劃運輸還大量存在，計劃價(jià)的存在相當普遍。沿跨境海運輸的計劃價(jià)長(cháng)期偏低，并且變動(dòng)幅度較小，在跨境海運市場(chǎng)流傳“50年代的運價(jià)，80年代的成本”之說(shuō)，鋼材上漲30%，機械配件上漲20%，裝卸費提高20%，港口使用費提高10%。

但是仍執行1957年前的低運價(jià)，1984年雖對1至4級運價(jià)有所提高，但趕不上成本的增長(cháng)速度，被戲稱(chēng)“吸一支海綿頭香煙等于1噸/3海里的運價(jià)”。遠洋運輸的計劃價(jià)自1979年至1991年期間修改3次運價(jià)本。總體上看，運價(jià)的調整還是滯后于國際跨境海運市場(chǎng)的供求變化。相對而言，計劃外的跨境海運需求量逐漸增大，但是相應的跨境海運供給能力不足，議定價(jià)可以自由地跟隨市場(chǎng)供求的變化而變化，因此，在同航線(xiàn)上議定價(jià)高于計劃價(jià)。例如，從北方到南方的鋼材、玉米運價(jià)為25元/噸左右，而市場(chǎng)議價(jià)為100~130元/噸。在需求量較大的航線(xiàn)，經(jīng)常出現船主哄抬運價(jià)的行為，造成市場(chǎng)秩序混亂。跨境海運價(jià)格與跨境海運價(jià)值背離。跨境海運國企受苦于價(jià)格雙軌制，同質(zhì)不同價(jià)，運價(jià)低且固定不變，不能隨行入市，使運價(jià)與市場(chǎng)供求變化而變化，經(jīng)營(yíng)成本不斷在增大，導致運量越大虧損就越大，有部分航線(xiàn)處在虧損運營(yíng)狀態(tài)。價(jià)格機制不健全成為腐敗滋生的土壤，許多貨主為了享受計劃內的低運價(jià)而采取各種辦法行賄跨境海運國企負責人，跨境海運國企倒賣(mài)運力，牟取暴利。

對于計劃外的市場(chǎng)需求，交通部對國企規定的運價(jià)低于議定價(jià)，給予官員很大的尋租空間。由于有些航線(xiàn)運價(jià)長(cháng)期不變，跨境海運企業(yè)虧損嚴重，國家對虧損航線(xiàn)亦無(wú)任何補貼和優(yōu)惠政策，因此，跨境海運企業(yè)從虧損航線(xiàn)退出，此類(lèi)航線(xiàn)的運力出現緊張，但是在價(jià)格機制不能發(fā)揮作用的情況下，航線(xiàn)的供求關(guān)系得不到自然的調節。對于價(jià)格機制的完善，交通部一方面建章立制，加強協(xié)定價(jià)的管理；另一方面，逐步允許跨境海運國企進(jìn)入計劃外運輸市場(chǎng)，提高計劃外運輸市場(chǎng)的供給能力，調節供求關(guān)系，同時(shí)逐步減少指令性的計劃運輸量。

此外，賦予跨境海運國企定價(jià)權。到了1988年，中國開(kāi)始實(shí)行經(jīng)理負責制和經(jīng)濟承包制，除了煤、油、成品油、糧、礦等九種大宗貨外，運費地區除蘇聯(lián)、日本、香港外，跨境海運企業(yè)在運輸價(jià)格有了一定的自主權。